L'Empereur actuel est Hantei le 38ème qui à l'image des précédents maîtres de Rokugan règne, distant et serein, depuis son palais dans la capitale d'Otosan Uchi. L'entourage proche de l'Empereur est presque aussi important que lui, notamment l'Impératrice et le premier-né de la lignée impériale, héritier du trône. Durant son histoire, l'Empire a compté deux Impératrices qui ont régné en tant qu'héritières mais les autres souverains ont tous été des hommes et les Impératrices leurs épouses.

Lorsqu'un nouvel empereur est couronné, ses frères et soeurs ont coutume d'abandonner le nom de Hantei pour rejoindre les Familles Impériales. Celles-ci sont formées des descendants des premiers serviteurs humains des Kami et sont également comme on peut le voir liées par le sang à la lignée impériale. Trois familles se partagent ainsi la parentèle impériale.

Les Seppun sont les descendants de Dame Seppun qui fut la première mortelle à se prosterner devant les Fondateurs. Ils sont célèbres pour leur piété et leur palais, Kyuden Seppun, est considéré comme le centre spirituel de l'Empire. Les Seppun forment également la garde impériale, les bushi (guerriers) de l'école Miharu étant tous issus de leur lignée et considérés comme les guerriers les plus dévoués aux Hantei. Les Miya descendent d'un jeune héraut qui fut chargé par le premier empereur d'annoncer la victoire des Tonnerres contre Fu Leng dans tout l'empire. Miya fut tellement bouleversé par les ravages de la guerre qu'il décida de porter également secours aux nécessiteux. Ses héritiers sont les émissaires de paix du souverain et apaisent nombre de conflits entre les clans. Ils organisent également chaque année la Bénédiction de l'Empereur, une caravane qui parcourt les terres ravagées par les cataclysmes ou la guerre afin d'aider les populations à reconstruire.

Les Otomo enfin forment les administrateurs et les fonctionnaires de la cour impériale. Bien que l'Empereur puisse nommer des personnes influentes issues des différents Clans à des postes cruciaux, nombre de rouages impériaux sont en fait contrôlés par les Otomo qui veillent à ce que les intérêts des Clans ne soient pas trop imbriqués dans la politique impériale.

L'Empereur est libre de nommer divers notables issus des Clans ou des Familles Impériales à des postes dont il estime qu'ils ont un intérêt pour lui : chancelier, secrétaire, conseillers… Mais la tradition veut depuis le premier Hantei qu'un homme soit son champion personnel et son premier adjoint, le Champion d'Emeraude. 

Désigné à l'issue d'un tournoi prestigieux incluant des épreuves d'étiquette, de culture et d'escrime parmi les plus réputés des représentants de chaque maison de l'Empire, le Champion d'Emeraude est le garant de l'honneur du souverain. Il est donc habilité à le seconder, à le remplacer et à commander ses serviteurs en son nom. 
Pour faire régner la justice de l'Empereur, le Champion d'Emeraude dispose des Magistrats d'Emeraude, un corps de fonctionnaires recrutés parmi les samurai de tout l'empire. Quelles que soient leurs origines, les Magistrats d'Emeraude sont chargés de veiller à ce que les différents Clans obéissent aux lois du souverain et également de poursuivre certaines catégories de criminels qui menacent l'Empereur, sa lignée ou son Empire. Les Légions Impériales quant à elle sont formées de guerriers réquisitionnés dans les différents Clans et qui permettent à l'Empereur d'assurer son pouvoir par la force si d'aventure on rechignerait à lui obéir.